Centralnym Laboratorium Kryminalistycznym Policji (CLKP) kieruje dyrektor, któremu podlega dwóch zastępców dyrektora.
Dyrektor CLKP sprawuje nadzór nad niżej wymienionymi komórkami organizacyjnymi:
1. Wydział Bezpieczeństwa Informacji i Nadzoru
2. Wydział Ogólny
3. Zespół Kontroli
4. Zespół Prawny
5. Jednoosobowe Stanowisko do spraw Ochrony Pracy
6. Jednoosobowe Stanowisko do spraw Wsparcia Psychologicznego
Zastępca Dyrektora CLKP sprawuje nadzór nad niżej wymienionymi komórkami organizacyjnymi:
1. Wydział Wsparcia Logistycznego
2. Wydział Badań Dokumentów i Informatyki Śledczej
3. Wydział Badań Broni, Mechanoskopii i Wypadków Drogowych
4. Wydział Badań Chemicznych
Zastępca Dyrektora CLKP sprawuje nadzór nad niżej wymienionymi komórkami organizacyjnymi:
1. Wydział Badań Genetycznych
2. Wydział Badań Daktyloskopijnych i Traseologicznych